大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿。

    他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去...

    后来，大蛇丸的这一项实验暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古怪行为，所以大蛇丸最后离开了木叶。

    捉拿大蛇丸

    听完三代火影讲述的来龙去脉后，三代火影命令卡卡西在今后多加留意木遁天藏。

    并让卡卡西将大蛇丸带回木叶。

    三代火影命令暗部一定要将大蛇丸带回木叶，一旦大蛇丸叛逃敌国木叶造成巨大的损失，卡卡西受命前往寻找大蛇丸。

    与此同时团藏表面上与三代目火影“合作”，实则为了帮助大蛇丸逃脱木叶的追杀，于是团藏派出了“甲”前往秘密据点。

    卡卡西误闯秘密据点被据点的人抓住，但甲暗中救了卡卡西一命，当卡卡西再度回到据点时，秘密据点的人已经全部被大蛇丸杀死。

    自己跟大蛇丸展开了战斗。大蛇丸自知再打下去对自己不利便撤退了，卡卡西对甲和据点唯一幸存的人说：

    “我从来没有来到过这里，也没有见到任何人，更没有发现大蛇丸。”便离开了他们。

    志村团藏的右眼是写轮眼，由于多次使用已经渐渐失明，而宇智波一族拥有写轮眼的成员又很难下手。

    故团藏决定夺取卡卡西的写轮眼，之后团藏假借任务为由使甲和卡卡西一同探查大蛇丸秘密据点。

    甲对卡卡西露出杀意时被卡卡西察觉并败在卡卡西的手下，经过与卡卡西的一番对话之后甲消除了对卡卡西的疑惑。

    这时据点内白磷大蛇复活，卡卡西拼命保护甲，最后失去了知觉，但甲并没有夺取卡卡西的写轮眼而是背叛了团藏。

    最后，卡卡西会见三代火影，将甲从根调离而分配到了暗部卡卡西所在的一组，甲恢复了原名天藏。

    卡卡西的组缺少人手，于是宇智波鼬便加入了卡卡西所在的一组，起初年纪比较小的鼬不被他人留意，反而招来了冷嘲热讽。
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